1.重大决策的制定。谁控制了董事会，就控制了公司，拥有对重大决策的制定权。大股东可以很容易做到控制董事会。通常，股东协议书可以有一个条款，规定一些特定的决策需要全体股东的批准。这种规定可以保护小股东的利益。
2融资安排和股东给公司的贷款。公司运作起来经常需要股东投钱进来，为了保障投钱股东的利益，可以考虑拿公司的资产来抵押给投钱股东，并且支付合理的利息。
3.股份转让条款，指一个股东想买断另一个股东时如何处理的条款。一个常见的规定是，一方可以提出买断另一方股份的提议和出价，另一方有权决定接受还是拒绝。如果另一方拒绝，则必须要反过来按原来的出价买断提议方的股份。这种规定提供了对双方利益的保护和一个有效的股东退出机制。
4.股东离婚时导致股份被分割给配偶时如何处理。可以考虑制定一个买断条款，公司有权买断转给配偶的股份。
5.股东有意外时，如死亡、残废时，如何处理。
新设立的公司入股协议一般包括
1、拟设立的公司名称、住所、法定代表人、注册资本、经营范围及性质;
2、股东及其出资入股情况;
3、公司管理及职能分工;
4、盈亏分配;
5、转股或退股的约定。
6、协议的解除或终止;
7、违约责任等条款。