人民检察院对于控告、检举、自首、移送、交办和自已发现的违法犯罪材料，应当及时进行审查，并分别情况，进行处理。

1、经审查认为有犯罪事实，需要追究刑事责任的，即填写《立案请示报告》，经检察长批准或检察委员会决定，制作《立案决定书》。按照案件管理制度的规定及时报上级人民检察院备案。上级人民检察院认为不应当立案的，应用书面形式及时通知下级人民检察院予以撤销。下级人民检察院有不同意见时，可以提请上级人民检察院复议。复议结果应及时通知下级人民检察院执行。《立案决定书》内容包括：被告人姓名、性别、年龄、籍贯、文化程度、工作单位、职务、案由和案件来源、主要犯罪事实、决定立案的根据等。

2、经审查认为没有犯罪事实或具有刑事诉讼法第十一条规定的情形之一不予立案的，经科、处长或检察长批准后，应制作《不立案通知书》，将不立案的原因和理由通知控告、检举单位或控告、检举人.控告、检举单位或控告、检举人不服，可以申请复议，复议的结果，应当通知控告、检举单位或控告、检举人。

综上所述，检察院在办理刑事案件过程中，要对犯罪材料进行审查，认为证据链缺失的，可以退回公安机关补充侦查。刑诉法明确补充侦查最多是两次，没有第三次退回的说法。对于第三次审查依然认为事实不清的，检察院应该做出不起诉决定，通知看守所释放当事人。