1、投资人数和企业财产归属形式不同。个人独资企业是一个自然人进行的投资，是一个人的行为，企业财产为投资人个人所拥有；合伙企业则不是单个人的行为，它必须由2人以上的合伙人设立，联合经营，企业财产由合伙人共同所有，并由全体合伙人共同管理和使用。

2、责任承担不同。个人独资企业是一个投资人投资，财产和利润归该投资者所有，故其对企业承担无限责任；合伙企业的财产是由各合伙人出资所形成的，在共同经营中要求共担风险，要求各合伙人对合伙企业的债务承担无限连带责任。

3、企业事务的管理方式不同。个人独资企业的投资人对企业事务管理具有最终的决定权，投资人独资出资，独资经营，自行作出决策。首先以各合伙人订立合伙协议为前提，各合伙人共同出资，共同经营，企业事务管理可以由全体合伙人共同执行，也可以由合伙人约定或者全体合伙人决定，委托一名或数名合伙人执行，但是重大事项仍然是全体合伙人共同决定。

4、投资转让方式不同。个人独资企业由于不能分离，投资人要转让投资或撤回资本，只能通过彻底转让企业或者解散企业的方式；而合伙企业的财产转让，合伙人既可将其在合伙企业中的财产份额转让给其他合伙人或经全体合伙人同意转让给合伙人以外的第三人，也可以通过退伙的方式转让其财产。