债权债务清查的方法一般使用函证核对法。企业首先在检查本单位各项往来款项账簿记录正确和完整的基础上编制“往来款项对账单”，送(寄)交对方单位核对。“往来款项对账单”的内容可分为两部分，上半部分说明债券或债务形成的原因、时间及其金额，要求予以核对，下半部分是回单，请对方单位在核对的基础上说明是否有误及其有误的金额等。

(一)债权债务清查前，应该先进入清算。

企业清算账务处理的步骤为：编制解散的资产负债表;核算清算费用;核算变卖财产物资的损益;核算及收回账面债权，清偿债务及损益;核算弥补以前年度亏损;核算剩余财产及其分配;编制清算损益表，清算结束的资产负债表。

(二)帐务处理

1、于终止经营日编制资产负债表，这和正常经营日的资产负债表编制相同。

2、清算费用

清算组成员的各类报酬及财产变卖，债权债务处理过程发生的一切费用。

(1)支付清算费用

(2)结转清算费用

3、核算变卖资产及其损益的账务处理

(1)经清查，原材料盘盈时

(2)将各类无形资产和递延资产、预提费用全部摊销

(3)固定资产拍卖得收入

(4)将上述清算净损益转入未分配利润账户

4、核算收回债权，清偿债务及损益的账务处理

(1)经认真查核，应收账款确系无法收回。

(2)经认真查核，应付账款确系无法清偿。

(3)将上述清算净损益转入未分配利润账户。

5、核算弥补以前年度亏损的帐务处理

(1)用盈余公积弥补以前年度亏损

(2)缴纳清算年度所得税

(3)核算剩余财产及其分配的帐务处理。将清算后的剩余财产按实收股本的份额，在各个所有者之间进行分配。

6、编制清算损益表、清算资本的资产负债表 　

普通清算会计与破产清算会计一样，应编制清算资产负债表、清算财产表、债务清偿表和清算损益表。但是，由于普通清算的内容、会计科目的设置与破产清算有一定的区别，因而，报表的编制在结构和方法上也有所不同。

其实企业的债权债务需要清查的时候，一般就意味着该企业已经进入到破产程序中，因为在企业的债权债务清查前，应该先进入到企业的破产清算程序中，其实债权债务清查的主体也是特定的，一般只有公司指定的或者是法院排除的清算组才可以进行清查。