民事申请法院整体回避的处理方式是可以适用指定管辖。当事人提出回避申请，应当说明理由，在案件开始审理时提出;回避事由在案件开始审理后知道的，也可以在法庭辩论终结前提出。被申请回避的人员在人民法院作出是否回避的决定前，应当暂停参与本案的工作，但案件需要采取紧急措施的除外。

审判人员、检察人员、侦查人员有下列情形之一的，应当自行回避，当事人及其法定代理人也有权要求他们回避：

(一)是本案的当事人或者是当事人的近亲属的;

(二)本人或者他的近亲属和本案有利害关系的;

(三)担任过本案的证人、鉴定人、辩护人、诉讼代理人的;

(四)与本案当事人有其他关系，可能影响公正处理案件的。

审判人员、检察人员、侦查人员不得接受当事人及其委托的人的请客送礼，不得违反规定会见当事人及其委托的人。审判人员、检察人员、侦查人员违反前款规定的，应当依法追究法律责任。当事人及其法定代理人有权要求他们回避。

审判人员、检察人员、侦查人员的回避，应当分别由院长、检察长、公安机关负责人决定;院长的回避，由本院审判委员会决定;检察长和公安机关负责人的回避，由同级人民检察院检察委员会决定。

对侦查人员的回避作出决定前，侦查人员不能停止对案件的侦查。对驳回申请回避的决定，当事人及其法定代理人可以申请复议一次。

为维护审判程序的公平公正，法庭审判时，在当事人与本案有较大的利害关系，或是当时人或诉讼代理人的近亲属从而可能影响案件的公平审判时，人民法院对当事儿提出的回避申请。此申请可由当事人自己提出。

院长担任审判长时的回避，由审判委员会决定;审判人员的回避，由院长决定;其他人员的回避，由审判长决定。

人民法院对当事人提出的回避申请，应当在申请提出的三日内，以口头或者书面形式作出决定。申请人对决定不服的，可以在接到决定时申请复议一次。复议期间，被申请回避的人员，不停止参与本案的工作。人民法院对复议申请，应当在三日内作出复议决定，并通知复议申请人。

其实在回避制度中，都是检察官、法官等司法工作人员的个人回避，并没有整体回避这一说法，如果是申请整体回避的，此时法院审查过后认为自己确实没有管辖权的，就可以适用移送管辖的制度，将案件移送给有管辖权的人民法院，或者是适用指定管辖。