一、劳动关系中发生用工合同纠纷怎么办?

劳动关系中发生用工合同纠纷的，可以申请劳动仲裁。

《劳动争议调解仲裁法》

第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

(一)因确认劳动关系发生的争议;

(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;

(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;

(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;

(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;

(六)法律、法规规定的其他劳动争议。

二、用工合同纠纷申请劳动仲裁需准备哪些材料?

1、劳动仲裁申请书。

2、申请人身份证明及复印件。

3、有委托代理人的，需当面签定并提交《授权委托书》，注明委托事项，同时提交受委托代理人的身份证复印件。如委托人的代理人是律师事务所派出的执业律师，应提供执业律师的证件复印件：如委托人的代理人是公民，应提供与委托人签订的不收费代理协议书，以及代理人和委托人之间的关系的法律资料。

4、被申请人工商注册信息资料。

5、申请人与被申请人存在劳动关系的证明材料。

6、《提交证据材料清单》(一式两份)。

三、发生用工合同纠纷公司可以直接辞退劳动者吗?

发生用工合同纠纷后，公司不可以直接辞退劳动者，劳动者有以下情形的，公司才能单方辞退：

(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;

(二)严重违反用人单位的规章制度的;

(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;

(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;

(五)因法定情形致使劳动合同无效的;

(六)被依法追究刑事责任的。

事实上，根据发生用工合同纠纷的具体原因，如果劳资双方可以自行协商处理，也不是必须申请劳动仲裁，协商无效的情况下，对于用工合同纠纷申请劳动仲裁的时效是一年，因为拖欠工资产生的纠纷，在劳动关系存续期间申请仲裁的时效不受限制。