当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

补充协议对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。

补充协议对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充协议对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。

比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充协议。

这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

合同“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。

已经存在的合同是主合同，“补充协议”是从合同。已经存在的合同作为主合同不以“补充协议”的存在为前提，或者说不受“补充协议”的制约而独立存在。反之，“补充协议”必须以已经存在的合同的存在为前提，自身不能独立存在。尽管“补充协议”相对于主合同而言没有独立性，但是其本身也是协议。因此，“补充协议”的成立和生效与主合同的成立和生效的依据相同。

在双方当事人之间协商一致签订补充合同之后，原合同的一些内容条款就会发生变化，双方当事人之间的权利义务也会随之变化，补充合同因为是在原合同之后签订的，更能体现双方当事人之间的意思，所以一般以补充合同的内容条款为准。