一直以来，关于日本皇室的起源一直扑朔迷离，争议也非常大。那么事实真相究竟是怎么样的呢？能拿出有力证据的主要有两种说法。

一种说法认为日本皇室是徐福的后裔。徐福东渡的故事家喻户晓，不仅中国人认同，很多日本人认同，这是有史料记载和考古证明的。不仅中国史料记载了徐福东渡的事，日本民间也有很多关于徐福的传说以及徐福东渡的遗迹。徐福甚至被认为是日本第一代天皇，徐福登岸的地点，与日本传说中的神武天皇登岸的地点相吻合。另外，天皇不仅是日本君主的称号，也是神道教的最高领袖，神道教无疑来自中国，很可能就是徐福带来的。到现在日本人仍有很多地方对徐福进行祭祀，所有日本人都对徐福怀有高度的敬意。日本昭和天皇的御弟三笠宫曾动情地说：“徐福是我们日本人的国父。”

另一种说法认为日本皇室是吴太伯的后裔，来源于中国的吴越地区。春秋时期，吴国灭亡，吴国的王室幸存者东渡到达隔海相望的日本，成为后来的日本皇室。他们为日本带来了水稻和冶金技术。这与公元前5世纪中到公元前3世纪日本水稻种植的出现及日本绵延了6000多年的绳纹文化突然中断进入金石并用时代非常吻合。汉隋时期，倭王遣使来华，都表称“日本王室是吴泰伯后裔”。吴太伯就是吴国的开国之君，吴王夫差的先祖，自己是吴氏后人。《魏略》、《晋书》、《梁书》、《北史》等史书都有记载。在日本很多史书也有类似记载。

究竟那种说法对那种错，还有待进一步考证。