历史上六扇门指的是三法司衙门的合称。三法司衙门的合称，明清时分别指刑部、大理寺和都察院，元代指大宗正府、刑部、宣政院，宋代指大理寺、刑部、御史台，唐代指大理寺和刑部、御史台，汉代指廷尉、御史中丞和司隶校尉，秦代《商君书·定分》：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。”这是中国最早的三法司。

民间传说的“六扇门”则是指捕快之中一个特殊的旁支。这个“六扇门”通常只接手江湖帮派斗争和久为官府通缉的要犯，同时与各大门派有相当的交情，在朝廷和江湖中都有着举足轻重的权力，江湖中有身份的人犯案只要不上动天庭，都可以不了了之。

明朝万历年间，朝廷为了处理有关国家大事的案件，专门成立了一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密组织。因为这个组织的秘密性，又因为总部大殿是一个坐北朝南、东南西三面开门、每面两扇门总共六扇，所以叫做“六扇门”，组织成员因行动机密也叫总部为“六扇门”。

因为这个组织行动诡异、手段凶狠、专办大案，民间广为传诵六扇门的威严恐怖。时间久了，六扇门在江湖上也就无人不知、无人不晓了。这个“六扇门”组织在查办魏忠贤的斗争中表现出色，但随着明朝灭亡也最终消失。

“六扇门”独特的社会地位和工作内容，形成了“六扇门”办案风格的神秘性。

一方面，“六扇门”是朝廷之官，要接受正统的朝廷制度的约束;另一方面，“六扇门”又要直接和黑道的江湖人士打交道，必须要熟悉江湖规矩。正因为如此，“六扇门”的人进得衙门，出得江湖。

六扇门是衙门中的江湖人物，是江湖中的衙门掌门。他们代表衙门统管江湖一方，在江湖上拥有极大的权力，却也同时被不为朝廷效命的江湖豪杰所不齿。