对于明初文字狱的原因，一些早期的学者指出，明初文字狱的出现是由于统治阶级内部矛盾引起的，是一部分旧地主阶级的文人对新兴皇朝臣属关系的斗争。只是朱元璋用文字细节和他自己出身经历的禁忌来兴文字狱，将新旧势力的斗争演变为莫须有的罪名杀戮大批知识分子。

文字狱形成的绝大多数案件都是因为被怀疑影射朱元璋的出身寒微而惹祸的，这实际上是“莫须有”的罪名。前面曾提到，朱元璋少年时当过和尚，做过盗匪，这段经历使他当上皇帝以后十分忌讳别人提起此事，对于像“光”、“秃”、“生(僧)”、“取法(去发)”、“则(贼)”等字或谐音的字非常敏感，因为“光”、“秃”、“生(僧)”、“取法(去发)”都被视为骂他做过和尚，“则”则视为骂他做过贼。

不过，古时的读书人写文章偏偏喜欢用文雅的文言文去曲折地表述直白的语句，不知不觉中就正好触犯了朱元璋的忌讳。《二十二史剳(音zha)记》中记录了很多这方面的例子。如杭州府学教授徐一夔给朱元璋上《贺表》，其中有“光天之下，天生圣人，为世作则”的句子，被杀；浙江府学教授林元亮作的《谢增棒表》有“作则垂宪”一句，被处死；澧州学正孟清为本府作《贺冬至表》有“圣德作则”句，被杀；常州府学训导蒋镇为本府作《正旦贺表》有“睿性生知”的字样而被诛。

其他犯忌的词句还有“垂子孙作则”、“仪则天下”、“建中作则”、“取法象魏”、“拜望青门”(青门指僧院)、“体乾法坤(发髡),藻饰(早失)太平”、“遥瞻帝扉(帝非)”、“式(失)君父子以班爵禄”、“永绍亿年，天下有道(盗)”等等。朱元璋对用字的避讳也很在乎，如不允许用“元”字，“洪武元年”改成“洪武原年”；洪武三年下令禁止百姓取名时用天、国、君、臣、圣、神等字，举不胜举。

更为无稽的是，就连死了上千年的“亚圣”孟子也难逃朱元璋的文字之狱。有一次朱元璋读到“民贵”、“君轻”句时，认为这是大不敬，就命人将孟子的神位扔出孔庙，要让他在死后也得不到赦免。又命人将《孟子》一书进行修订，删节了三分之一，这样才能作为科举考试的标准用本。后来，由于掌管观天的人说天上的文曲星暗了，引起朱元璋的猜疑，才又不得不将孟子牌位重新送回孔庙。