黄巢率领农民起义军围困长安时，曾有诗作“待到秋来九月八，我花开后百花杀。冲天香阵透长安，满城尽带黄金甲”。借此形容势不可当的义军力量。然而与唐朝军队的仓促应战，让他败北。结果，他带着残兵败将逃到了山东，自此没有任何音讯，他如何终老也就成为一个千古之谜。

在唐朝历史关于黄巢的记述，出现两种截然不同的说法：一个是被杀，另一个是自杀。

据《旧唐书·黄巢传》中有关黄巢死因的记述是这样记载的：“巢将林言斩巢及二弟邺、揆等七人首，并妻子皆送徐州。”也就是说，是黄巢在兵败后看到生还无望便让外甥林言把自己杀掉的。同时这样记载的史书还有《资治通鉴》《桂苑笔耕录》《北梦琐言》。林言是黄巢身边的禁卫队首领，是黄巢最亲密的人，从基本事实上看，林言拿着黄巢的首级去投唐这是一个事实，其中又有怎样的故事却不为人知。

而《新唐书》对于黄巢的死却是这样记载的：在黄巢兵败狼虎谷后，他见大势已去，生还无望，为了保存反唐血脉，他让自己的外甥林言拿着自己的首级去投唐，但是林言不忍心杀掉自己的舅舅。于是，黄巢自刎却没有死，林言随后就斩下黄巢的首级去降唐军，不料中途遇到沙陀人，沙陀人求功心切遂将林言也杀了，将两人的首级一同献给唐军。

《新唐书》成书于北宋年间，但是有关唐史在五代后晋时就有官修的唐史，后世为了区别两者，遂把五代时期的《唐书》称为旧唐书，而把北宋欧阳修主持修编的唐史称为《新唐书》，但是由于成书时间的差异以及时代背景的不同，旧唐书成书于乱世且仓促，书中大有疏漏之处，而欧阳修主持修编的《新唐书》，不仅内容丰富而且对于史料的收集也是极为全面的，《新唐书》秉承春秋的笔法写史，因此研究历史的人大都会参考《新唐书》的相关记载。

从敦煌莫高窟发现的“敦煌文书”中有一部《肃州报告黄巢战败等情况残卷》，里面有这样的记载：“其草贼黄巢被尚让杀却，于西川进头。”尚让是黄巢起义军的人物，其早年追随王仙之后投奔黄巢。后来遇到唐军反扑后，黄巢带余部到达今河南境内却遭遇沙陀兵的突袭，伤亡无数急需救援，但是这时的尚让却背叛黄巢反投唐军。那么黄巢死于尚让手下也不是没有可能。