1、事业单位分类不同。环保局：事业机构，由于行政部门个数受地方经济社会发展水平和人口数量等因素的影响。整合了国土、农业、水利、海洋等部门的污染治理和生态环境保护职能。生态环境局：承担环境保护和自然资源、农业、水利、海洋等部门相关污染治理和生态保护执法职责。

2、管辖范围的不同。环保局：环保局在市级单位设置，并且管辖也是该市的环保相关工作。生态环境局：生态环境局是在省级设立，指导各市的环保工作。