1、杀菌剂按化学成分分为无机杀菌剂和有机杀菌剂。

2、无机杀菌剂有硫素、铜素和汞素杀菌剂3类；有机杀菌剂分为有机硫类（如代森锰锌）、三氯甲硫基类（如克菌丹）、取代苯类（如百菌清）、吡咯类（如拌种咯）、有机磷类（如乙磷铝）、苯并咪唑类（如多菌灵）、三唑类（如三唑酮、三唑醇）、苯基酰胺类（如甲霜灵）等；按防治对象分为杀真菌剂、杀细菌剂、杀病毒剂等。

3、按作用方式分为保护性杀菌剂、内吸性杀菌剂等。按原料来源分为化学合成杀菌剂、农用抗生素（如井冈霉素、农抗120）、植物杀菌素、植物防御素等。

4、按作用方式分为喷布剂、种子处理剂、土壤处理剂、熏蒸和熏烟剂、保鲜剂等。