有些菇对氧气的需要量较少，一定量的二氧化碳有利于其生长发育。如平菇在二氧化碳浓度为20-30%（体积）时的菌丝生长量，比在一般空气下的生长量可增加30-40%。同时，较高浓度的二氧化碳，还能成为防止杂菌的一道屏障。只有二氧化碳浓度积累大于30%时，菌丝的生长量才明显下降。香菇、金针菇、木耳等，在较高二氧化碳浓度下，菌丝也能较好地生长。

在子实体分化阶段，即从营养生长转向生殖生长时，对氧气的需要量较少，此时微量的二氧化碳(如0. 034-0.1%)，对双孢蘑菇和草菇子实体的分化有促进作用。子实体原基形成后，二氧化碳浓度高到0.114-0. 152%时，金针菇则形成盖小柄长的畸形菇，而这正是商品菇所要求的形态标准。

满足菇对二氧化碳的需要，即使其浓度正好有利于子实体生长，而不至于受到抑制，可通过开关菇房的窗户调节，或采取其它人工措施。如栽培金针菇时，常于子实体原基形成后，采用套纸筒或将塑料袋撑起，并适当控制菇房通风的方法，来适当提高金针菇基部的二氧化碳浓度，促使形成柄长盖小的优质商品金针菇。