1、投保对象，新农合是针对农村人口实行的医疗制度，医保是针对城市居民及企业职工（分为居民医保和职工医保两种）。

2、缴费标准，新农合和居民医保的缴费虽然每年是固定的金额，但职工医保则跟个人工资以及当地平均工资挂钩。

3、报销比例，多地已开始实行城镇居民医保和新农合统一的政策，新农合的报销比例也在逐渐往医保报销比例上靠近。

4、报销范围，医保报销范围比新农合广，像新农合在一些大医院门诊就不能报销，但也是上面提到了的统一政策，新农合的报销范围也正在向城镇居民医保靠拢。