种子的内部构造包括胚根、胚轴、胚芽、子叶四部分，其中胚根发育成植物的根，胚轴发育成连接植物的根和茎的部分，胚芽发育成植物的茎和叶，子叶为种子的发育提供营养。不同种类种子的胚之间不同的是子叶数目，变动在1-18个之间。

种子的形成使幼小的孢子体胚珠得到母体的保护，并像哺乳动物的胎儿那样得到充足的养料。种子还有种种适于传播或抵抗不良条件的结构，为植物的种族延续创造了良好的条件。所以在植物的系统发育过程中种子植物能够代替蕨类植物取得优势地位。以上为植物学意义种子，而非生产上的种子，生产上的种子不仅包括前面的植物学种子，还包括植物可用作繁殖的器官和人造种子。