新疆海拔3000以上的城市有克孜勒苏柯尔克孜自治州和巴音郭楞蒙古自治州。

克孜勒苏柯尔克孜自治州，简称“克州”，隶属于新疆维吾尔自治区，位于新疆维吾尔自治区西南部，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘，自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1195千米。东部与阿克苏地区相连，南部与喀什地区毗邻，全州东西长约500千米，南北宽约140千米，面积7.25万平方千米。

巴音郭楞蒙古自治州，隶属于新疆维吾尔自治区，位于新疆维吾尔自治区东南部，境内有高山、盆地、河流、湖泊、戈壁、沙漠和平原绿洲，属中温带和暖温带大陆性气候。总面积47.15万平方千米，辖1个县级市、7个县、1个自治县。根据第七次人口普查数据，截至2020年11月1日零时，巴音郭楞蒙古自治州市常住人口为1613979人。