在1941年12月到隔年2月，日军侵略军发动了马来新加坡战役。在抵抗作战中，最为勇敢就是马来人民抗日军。这是由马来亚共产党领导的主要由华侨组成的抗日武装，有两个旅，大约4000人。他们在金马士（Gemas）重创了日军25军战车第一联队以及安藤支队。南洋的华侨们为祖国做了所能做的一切事情。太平洋战争爆发以前，他们出钱出人支援祖国的抗战，不管是亲共的陈嘉庚先生还是亲国的胡文虎先生，他们都是为了祖国不受日寇蹂躏。当时的日军第25军司令山下奉文得出了这样的结论：要不是有华侨的支援，早就解决中国问题了。这就是新加坡大屠杀的思想根源。

随着2月15日英军乞降，新加坡沦陷。马来新加坡战役以日军的完全胜利而结束。日军占领新加坡几天后便出示一份布告，要求所有新加坡18岁至50岁华人男子到四个地方集中以领取“良民证”，但是到了集中地点等待着华人的是蒙着面罩的原英国警察，印度警察和马来亚共产党的变节分子的对所谓“反日分子”的指认。被指认出来的华人未经任何审判程序就被日军捆绑赴海边，惨遭重机枪扫射。到后来为了节约子弹，干脆把人绑成一串装上船，到离海岸十公里左右的地方将人推到海里。

日军屠杀被“指认”的华侨，手段极其残忍：有将人互相捆绑推入海中用机关枪扫射的，有令其掘坑服毒自尽或用机枪射杀、军刀砍杀的，种种花样令人发指。多年来，对于日本修改教科书、派兵海外维和以及首相、政界人物频频参拜供有二战甲级战犯的靖国神社，东南亚一些国家和中国、韩国一样，总是予以密切关注乃至谴责。其原因在于，它们都曾经遭受日本的野蛮侵略，对于日本复活军国主义的动向始终保持着高度的警觉。尤其是新加坡，由于经历过日军的大“检证”、大屠杀，所罹受的伤害更深，反应也更加强烈。

1942年新加坡的沦陷是对大英帝国殖民体系的一次沉重打击，当时的英国首相丘吉尔战后回忆说，整个二战期间，新加坡失守是他最感痛心也是情绪最低落的时刻。这个号称永不会陷落的“远东堡垒”的沦陷震惊了所有还沉浸在帝国残梦中的英国人。如果说新加坡失陷对于英国殖民者来说是一记沉重的心理重拳，那么对于生活在这个弹丸小岛上的数十万华人而言，则是一场真实的噩梦。日本军部早就对星洲华人欲除之而后快。占领新加坡后，日本第25军司令官山下奉文便与参谋长铃木宗作中将、参谋主任杉田大佐等人一起策划了对新加坡华人的“肃清行动”，要求全岛日军在三天把人员肃清。